La Unió concep també programes específics, les Iniciatives comunitàries, per trobar solucions comunes a problemes que existeixen en tot el territori europeu. Per al període 2000-2006 es dissenyaren quatre programes, que es beneficiaran amb el 5,35% de la dotació dels Fons Estructurals. Cada iniciativa està finançada per un únic Fons.