A la negociació de les perspectives financeres 2000-2006, que es va fer al Consell Europeu de Berlín (1999), es va aprovar, dins de la categoria d’accions estructurals, una assignació indicativa entre estats dels fons que s’assignaven a aquesta categoria (258.656 milions d’euros de 1999). En tot el període de programació, Espanya va percebre per aquest concepte el 26,53% del total dels fons.
Per tal de poder absorbir aquest ajut, pel que fa als Fons Estructurals, tots els estats membres han de procedir a establir una programació plurianual per a l'esmentat període, així com a establir les regles de la gestió dels mateixos, de la seva certificació a Brussel·les i els controls a què ha de ser sotmesa aquesta despesa. Així mateix, caldrà preveure els mecanismes per dur a terme l'avaluació de l'impacte que aquests fons tenen sobre les principals variables macroeconòmiques del país i de cadascuna de les regions on s'apliquen aquests fons.
Pel que fa al Fons de Cohesió, la gestió es du a terme projecte a projecte, però cal establir també a l'inici de la programació les regles sobre la seva gestió, la manera de certificació de la despesa a la Comissió, així com els controls necessaris de la despesa.