A més dels Fons Europeus, la política regional desenvolupada per l’Administració General de l’Estat s’aplica mitjançant altres instruments.
Els dos més importants són, per les característiques i la dimensió financera, el Fons de Compensació Interterritorial, la gestió de projectes del qual correspon a la Direcció General de Fons Europeus, mentre que els pagaments són gestionats per la Direcció General de Finançament Territorial, i les Ajudes d’Estat de Finalitat Regional, la gestió de les quals correspon a la Direcció General de Fons Europeus del Ministeri d’Economia i Hisenda, d’acord amb el que disposa la Llei 50/85, de 27 de desembre, d’incentius regionals.