La gestió dels Fons Estructurals s'articula a través dels Programes Operatius, en el cas de l'Objectiu 1, i els Documents Únics de Programació, en el cas de l'Objectiu 2. Cada programa està compost per eixos prioritaris i per mesures. El conjunt d'aquests elements dissenya una estratègia de desenvolupament, que haurà de ser aplicada durant tota la durada del programa. Els projectes que aspiren al finançament per part del programa s'hauran d'inscriure en aquesta estratègia. El complement de programació conté la descripció detallada de les mesures anunciades al programa. Cada mesura disposa d'una cobertura financera precisa a la qual els administradors dels programes recorreran per finançar projectes individuals.