L'aplicació dels Fons Estructurals Europeus és objecte, en virtut d'allò disposat en els Articles 40 a 43 del Reglament (CE) 1260/1999 del Consell, d'una sèrie d'avaluacions dirigides a valorar l'eficàcia de les intervencions cofinançades amb els Fons Estructurals.