El percentatge màxim de l'ajut que concedeix el Fons de Cohesió és d'entre el 80 i el 85% de les despeses que es poden subvencionar. De manera excepcional, els estudis preparatoris i les mesures d'assistència tècnica es podran finançar al 100% del cost. El percentatge d'ajut es podrà reduir si s'aplica el principi de "qui contamina, paga" o quan un projecte generi ingressos.