Tal com recull el document de la Comissió Europea Els Fons Estructurals i la seva coordinació amb el Fons de Cohesió , la finalitat principal de les polítiques estructural i de cohesió de la Unió és contribuir a reduir les disparitats econòmiques i socials. Constitueixen un recolzament per a les polítiques nacionals i regionals en les regions més feblels i en els mercats de treball nacionals i regionals. Malgrat que la responsabilitat de definir les seves prioritats en matèria de desenvolupament recau, principalment, sobre els Estats membres i les seves regions, el cofinançament dels programes per part de la Unió Europea exigeix que es tinguin en compte, així mateix, les prioritats de la Comunitat, a fi de fomentar la dimensió comunitària de la cohesió econòmica i social.
Es per això que, d'acord amb l'Article 10 (3) de la reglamentació del Consell (EC) N° 1260/99, que estableix les disposicions generals dels Fons Estructurals, la Comissió ha adoptat les directrius, indicatives i generals, prenent com a base polítiques pertinents i consensuades en relació amb els objectius dels Fons. Amb aquestes directrius s'intenta ajudar a les autoritats, nacionals i regionals, a preparar les seves estratègies de programació per als objectius nº 1, 2 i 3 dels Fons Estructurals i els seus vincles amb el Fons de Cohesió. El seu objectiu es establir les prioritats de la Comissió, basant-se tant en les experiències extretes de l'aplicació de programes anteriors com en les actuals polítiques comunitàries relatives a les intervencions amb finalitat estructural. Aquestes prioritats contribuiran a garantir el millor ús possible de les ajudes comunitàries a escala nacional i regional. Aquest document formalitza el projecte de directrius adoptat per la Comissió el 3 de Febrer de 1999.