La incorporació del Fons de Cohesió (FC) al procés de programació dels Fons Estructurals ha permès integrar el disseny de les actuacions del FC dins d'una lògica estratègica, en la concepció de la qual hi han participat els diferents organismes de l'Administració General de l'Estat amb competències en les futures actuacions, així com les Comunitats Autònomes.
El Programa Operatiu del Fons de Cohesió - FEDER per al període 2007-2013, respon als diagnòstics sectorials de transports i medi ambient, a través d'una estratègia derivada del Pla Estratègic d'Infraestructures i Transport (PEIT) i del Pla AIGUA, que es complementa amb actuacions concretes en matèria de medi ambient centrades en l'àmbit dels residus i la prevenció de riscos naturals.