L’article 29 del Reglament (CE) 1083/2006 estableix l’anàlisi de la contribució dels programes cofinançats amb els fons, en l’àmbit del MENR, mitjançant la redacció de dos informes de seguiment estratègic, un l’any 2009 i l’altre, l’any 2012. L’objectiu fonamental del seguiment estratègic és analitzar la contribució dels programes cofinançats pels fons estructurals i de cohesió al compliment dels objectius estratègics del MENR i a la política de cohesió europea en general.