L'objectiu de l'avaluació operativa és l'anàlisi dels progressos realitzats als diferents Programes Operatius (P.O) mitjançant l'anàlisi de la qualitat i pertinència dels objectius proposats, l'avanç físic i financer, l'eficàcia i eficiència dels P.O etc. Amb aquest objectiu s'ha dissenyat un ambiciós sistema d'indicadors i un complex sistema informàtic de gestió.