A xestión dos Fondos Estruturais articúlase a través dos Programas Operativos. Cada programa componse de eixes prioritarios e de medidas. O conxunto destes elementos deseña unha estratexia de desenvolvemento, que deberá ser aplicada durante toda a duración do programa. Os proxectos que aspiren ao financiamento por parte do programa deberán inscribirse dentro da devandita estratexia.
Dependendo do seu carácter específico, cada un dos catro Fondos Estruturais poderá financiar determinados tipos de proxectos. As subvencións financiadas con fondos da Unión Europea rexeranse polas normas comunitarias aplicables en cada caso e polas normas nacionais de desenvolvemento ou transposición daquelas. O estado membro asume a primeira responsabilidade de control financeiro das intervencións, o que significa que deberá adopta-las medidas encamiñadas a unha utilización eficaz e regular dos Fondos europeos, asegurando que as intervencións se xestionan conforme ás normativas nacional e comunitaria, seguindo unha correcta xestión financeira, e que se prevén, detectan y corrixen as irregularidades observadas.