O Fondo de Cohesión ten, neste período, unha maior integración na execución de todas as políticas e accións dos fondos estruturais, deixando atrás o enfoque por proxecto a favor dun financiamento por programa, simplificando a xestión. Os recursos do Fondo de Cohesión distribúense en tres eixes: Eixe 1-Transportes Rte-T. Eixe 2- Medio e desenvolvemento sustentable e Eixe 5- Asistencia técnica.
A elección dos proxectos que se van cofinanciar no marco do programa nacional, respectando os obxectivos sectoriais do Fondo, corresponde ao Estado membro. Esta medida reduce considerablemente o número de proxectos que requiran a aprobación da Comisión. Únicamente no caso de proxectos de grande envergadura, solicítase o acordo da Comisión.