A incorporación do Fondo de Cohesión (FC) ao proceso de programación dos Fondos Estruturais permitiu integrar o deseño das actuacións do FC dentro dunha lóxica estratéxica, en cuxa concepción participaron os distintos organismos da Administración Xeral do Estado con competencias nas futuras actuacións, así coma as Comunidades Autónomas.
O Programa Operativo do Fondo de Cohesión - FEDER para o período 2007-2013, responde aos diagnósticos sectoriais de transportes e medio ambiente, a través dunha estratexia derivada do Plan Estratéxico de Infraestruturas e Transporte (PEIT) e do Plan AGUA, que se complementa con actuacións concretas en materia de medio ambiente centradas no ámbito dos residuos e a prevención de riscos naturais.