L’incorporation du Fonds de Cohésion (FC) au processus de programmation des Fonds Structurels a permis d'intégrer la conception des activités du FC dans une logique stratégique; les différents organismes de l'Administration Générale de l'État disposant de compétences dans les futures actions, ainsi que les Communautés Autonomes ont participé à leur création.
Le Programme Opérationnel du Fonds de Cohésion - FEDER pour la période 2007-2013, répond aux diagnostics sectoriels des transports et d’environnement, par le biais d’une stratégie dérivée du Plan Stratégique des Infrastructures et du Transport (PSIT) et du Plan AGUA, qui est complété par des activités concrètes en matière d'environnement centrées dans le cadre des résidus et de la prévention des risques naturels.