Le Fonds de cohésion, sur la période de programmation 2000-2006, a apporté une aide financière à des projets réalisés dans les secteurs suivants :
En premier lieu, dans des projets environnementaux alignés sur les objectifs du traité instituant la Communauté européenne et, en particulier, dans des projets qui coïncident avec les priorités en matière de politique communautaire environnementale, établies par les plans d’action environnementale et de développement durable concernés.
En second lieu, dans des projets de transport destinés à installer ou à développer les infrastructures de transport telles qu’elles sont définies par les directives du Réseau transeuropéen de transport (RTE) et, en particulier, les projets prioritaires.