Outre les Fonds Européens, la politique régionale développée par l'Administration Générale de l'État est appliquée au moyen d'autres instruments.
Les deux plus importantes sont, par ses caractéristiques et dimension financière, le « Fonds de Compensation Interterritoriale », pour lequel, la gestion de projets correspond à la Direction Générale de Fonds Européens, tandis que les paiements sont gérés par la Direction Générale de Financement Territorial, et « les Aides d'État de But Régional », dont la gestion correspond à la Direction Générale de Fonds Européens du Ministère l'Économie et des Finances, en application des dispositions de la Loi 50/85, de du 27 décembre, de Stimulants Régionaux.