Lors de la négociation des Perspectives financières 2000-2006 menée au Conseil de Berlin (1999), une affectation indicative entre États des fonds assignés à la catégorie Actions structurelles a été approuvée (258 656 millions d’euros de 1999). L’Espagne va percevoir à ce titre, sur toute la période de programmation, 26,53% du total des fonds.
Pour pouvoir absorber cette aide, en ce qui concerne les Fonds Structurels, tous les états membres doivent établir une programmation pluriannuelle de ladite période, et établir les règles concernant la gestion de cette aide, sa certification Bruxelles et les contrôles auxquels cette dépense doit être soumise. De même, il faudra prévoir les mécanismes permettant d’effectuer l'évaluation de l'impact que ces fonds ont sur les principales variables macro-économiques du pays et de chacune des régions où ces fonds sont appliqués.
En ce qui concerne le Fonds de Cohésion, la gestion est effectuée projet par projet, mais il faut aussi établir, et ce, depuis le début de la programmation, les règles concernant leur gestion, la façon d’effectuer la certification de la dépense à la Commission, ainsi que les contrôles des dépenses nécessaires.