Les programmes opérationnels sont les documents de programmation approuvés par la Commission Européenne pour développer et concrétiser une stratégie de développement à cofinancer avec les Fonds Européens, intégrés par un ensemble cohérent d'axes prioritaires composés par des mesures pluriannuelles. Il existe aussi des programmes opérationnels plurirégionaux ou sectoriels relatifs à l'ensemble des régions Convergence, Phasing-out et Phasing-in. Il n’existe qu’un Programme Opérationnel Plurifonds, c’est celui qui correspond au Fonds de cohésion-FEDER. Un programme opérationnel régional est un programme opérationnel à appliquer dans une région déterminée, dont le financement est à la charge d'un seul Fonds, avec l'exception qui a déjà été prise en compte. Il existe aussi des programmes opérationnels plurirégionaux ou sectoriels relatifs à l'ensemble de toutes les régions espagnoles ou à toutes les régions Convergence, Phasing-out et Phasing-in.