Le pourcentage maximum de l'aide octroyée par le Fonds de cohésion se situe entre 80 et 85 % des dépenses subventionnables. Exceptionnellement, les études préparatoires et les mesures d'assistance technique pourront être financées à hauteur de 100 % du coût total. Le pourcentage d'aide pourra diminuer suite à l'application du principe du « pollueur-payeur » ou quand un projet engendre des revenus.