Ebaluazio operatiboaren helburua da Programa Operatiboetan (PO) egindako aurrerapausoak aztertzea; horretarako, proposatutako helburuen kalitatea eta egokitasuna, aurrerakuntza fisiko eta finantzarioa, POen eraginkortasun eta efizientzia eta abar aztertu behar dira. Xede horretarako, asmo handiko adierazle-sistema bat eta kudeaketarako sistema informatiko konplexu bat diseinatu dira.