El IFOP tiene por misión contribuir a alcanzar el equilibrio entre los recursos del sector pesquero y su explotación. También tiene por objeto reforzar la competitividad del sector y el desarrollo de las zonas que dependen de ello.
Algunos de los ámbitos de actuación del IFOP son: ajustes del esfuerzo pesquero,desarrollo de la acuicultura, y modernización de la flota