En la negociación de las Perspectivas Financieras 2000-2006, llevada a cabo en el Consejo de Berlín (1999), se aprobó, dentro de la categoría de acciones estructurales, una asignación indicativa entre estados de los fondos asignados a esta categoría (258.656 millones de euros de 1999). España va a percibir por este concepto, en todo el período de programación, el 26,53% del total de fondos.
Para poder absorber dicha ayuda, en lo que respecta a los Fondos Estructurales, todos los Estados-miembros deben proceder a establecer una programación plurianual para el citado período, así como establecer las reglas acerca de la gestión de los mismos, de su certificación a Bruselas y los controles a que debe ser sometido dicho gasto. Asimismo, se deben prever los mecanismos para llevar a cabo la evaluación del impacto que dichos fondos tienen sobre las principales variables macroeconómicas del país y de cada una de las regiones donde se aplican dichos fondos.
En lo que respecta al Fondo de Cohesión, la gestión se lleva a cabo proyecto a proyecto, pero se deben establecer también al inicio de la programación las reglas acerca de su gestión, de la forma de certificación del gasto a la Comisión, así como de los controles del gasto necesarios.