Las acciones innovadoras del Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER) constituyen laboratorios de ideas en beneficio de las regiones desfavorecidas. Dado que las intervenciones principales de los Fondos Estructurales ofrecen con frecuencia posibilidades limitadas de experimentación, las acciones innovadoras aportan a los agentes regionales "el terreno de prueba" necesario para superar las dificultades que plantea la nueva economía.
Los programas correspondientes al período 2000-2006, incluyen medidas en relación con uno o más de los tres temas estratégicos siguientes: economía regional basada en el conocimiento y la innovación tecnológica; e-Europa: la sociedad de la información al servicio del desarrollo regional; e identidad regional y desarrollo sostenible.