El Programa de Cooperación Transfronteriza del Instrumento Europeo de Vecindad tiene como objetivo articular los recursos del Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER) en un instrumento transitorio con el formato de un Programa Operativo de Cooperación Transfronteriza específico, en el marco del Objetivo 3 del FEDER, para el desarrollo de proyectos de cooperación transfronteriza entre España y Marruecos.
Esta configuración permite el uso de los recursos del FEDER en el territorio comunitario y, en aplicación del artículo 21.3 del Reglamento (CE) 1080/2006, la ejecución de hasta un 10% de dicha asignación en gasto elegible generado directamente en el territorio de países no pertenecientes a la Comunidad Europea.
Esta situación, transitoria en su inicio a la espera de la implementación definitiva del Instrumento Europeo de Vecindad y Asociación, es definitiva actualmente al no haberse podido presentar un programa conjunto en este periodo.
El Programa tiene dos áreas de cooperación: el Estrecho (en torno a la CA de Andalucía y las CCAA de Ceuta y Melilla) y el Atlántico (con la CA de las Islas Canarias). Dichas áreas constituyen las prioridades del Programa.