Además de los Fondos Europeos, la política regional desarrollada por la Administración General del Estado se aplica mediante otros instrumentos.
Los dos más importantes son, por sus características y dimensión financiera, el "Fondo de Compensación Interterritorial", para el que, la gestión de proyectos corresponde a la Dirección General de Fondos Europeos, mientras que los pagos son gestionados por la Dirección General de Financiación Territorial, y las "Ayudas de Estado de Finalidad Regional", cuya gestión corresponde a la Dirección General de Fondos Europeos del Ministerio de Economía y Hacienda, en aplicación de lo dispuesto en la Ley 50/85, de 27 de Diciembre, de Incentivos Regionales.