Europako Egitura Funtsen aplikazioaren hainbat ebaluazio egiten dira, Kontseiluaren (EE) 1260/1999 Kontseiluko Araudiaren 40. artikulutik 43. artikulura esaten dena betez. Ebaluazio horien helburua da Egitura Funtsekin ordaindutako interbentzioen eraginkortasuna neurtzea.