Segimendu Batzordea da Programa Operatiboen kudeaketarako organo nagusia. Segimendu Batzordearen barne-araudiak bermatu egiten du jarduerak erkidegoko funtsekin finantzatzen dituzten erakunde guztien presentzia, Gizarte Zibila ordezkatzen duten beste erakunde batzuen presentzia, eta, hala badagokio, funtsen kudeaketa-estrategiarekin lotutako gaiei buruz aholkatu eta informatzen duten aditu independenteena.