La política regional desarrollada por la Administración General del Estado se aplica mediante diferentes instrumentos. Los más importantes son, por sus características y dimensión financiera, los siguientes: los Fondos Estructurales Europeos; el Fondo de Compensación Interterritorial; las ayudas de estado de finalidad regional; y la Cooperación Local del Estado.
De estos instrumentos de la política regional, los más importantes, por su dimensión financiera, son los Fondos Estructurales Europeos. España ha percibido entre los años 2000 y 2006 un total de 60.752 millones de euros (de 2004) y va a percibir 31.543 millones de euros (de 2004) en el período 2007-2013.
La aplicación de los Fondos Estructurales Europeos, en las regiones seleccionadas para cada Objetivo, se basa en un conjunto de documentos de programación plurianual, elaborados por el Estado español, que deben ser aprobados por la Comisión Europea.