El Fons de Cohesió, durant el període de programació 2000-2006, ha aportat ajuda financera a projectes dels sectors següents:
En primer lloc, en projectes mediambientals en la línia dels objectius del Tractat de la CE i, de manera particular, els projectes que coincideixin amb les prioritats en matèria de política comunitària mediambiental que estableixin els plans d’acció mediambientals i de desenvolupament sostenible pertinents.
En segon lloc, en projectes de transport adreçats a establir o a desenvolupar les infraestructures de transport, tal com les defineixen les directrius de la Xarxa Transeuropea de Transport (RTE-T, per les seves sigles en francès), i, de manera particular, els projectes prioritaris.